生态环境保护研究所具备环境检测噪声和振动、水和废水、生物、环境空气和废气、土壤和沉积物、固体废物、油气回收共7大类300余项（拟扩至600余项）检测项目检测能力和资质，同时具备军工涉密业务咨询服务资质、职业卫生甲级资质和核工业应用乙级资质。

业务范围包括企业环境检测、环保、放射和职业卫生的一体化监测、环境污染源排查与治理、环境应急预案编制、环境应急演练指导、环境调查与风险评估、建设项目环境监理、水土保持技术服务、环境应急检测、建设项目环境影响评价、环保运营托管、排污许可证办理、建设项目环境保护设施竣工验收等。